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La diversidad de hábitats que la ría alberga da lugar a una enorme riqueza ecológica. Las aguas libres son hábitat de una variada fauna piscícola. En ellas abundan numerosas especies de algas, son también el lugar donde ciertos grupos de aves buscan alimento. En las marismas, de aspecto uniforme, germina una intensa vida biológica. Atravesadas por canales y salpicadas por numerosas islas, tienen un aspecto característico.

En los lodazales y barrizales, que quedan a descubierto con la marea baja, se ven crustáceos y moluscos, mientras que en las salinas se concentran numerosas aves. En los terrenos agrícolas que rodean parte importante de la zona de lagunas, y donde se cultiva y el arroz y el maíz, cañizales y juncales, amieiros, chopos y sauces son refugio de una importante población de aves de poco tamaño. Charcas y zanjas están habitadas por numerosos batracios, mientras que en las vías de agua más recónditas podemos encontrar nutrias.

El cordón de dunas, además de representar una importante barrera natural contra el avance del mar, se caracteriza por la presencia de comunidades vegetales específicas.

Actualmente, la ría de Aveiro se extiende desde Ovar a Mira, tiene poca profundidad y en ella desembocan varios cauces de agua, de entre los que destaca el del Voga. Está separada del mar por un cordón arenoso de anchura variable interrumpido por una línea de mar artificialmente fijada en el siglo XIX. Presenta cuatro brazos principales - Ovar, Murtosa, Vagos y Mira - y está sembrada de pequeños islotes.