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De planta cuadrada, los arcos de este claustro presentan una bonita decoración de hojas de laurel talladas en piedra. Su construcción es obra de Marcos Pires y tuvo lugar en el primer cuarto del s. XVI. En las paredes observe los tres bajorrelieves en calcáreo representando el Ecce Homo, el Entierro del Señor y el Camino del Calvario, labrados con arte y técnica destacables.

Dando al claustro se abre la Casa del Capítulo, revestida de azulejos del s. XVI.
En la Capilla de Cristo también merecen atención dos elegantes sepulturas del Renacimiento, de dos priores del Monasterio, ambas concebidas también por Marcos Pires.

En 1530 se le añadió el Claustro da Manga (hoy casi desaparecido y con acceso desde el lado de fuera (Rua Olímpio Nicolau). Según la tradición, habría sido diseñado por el rey D. João III en la manga de su propia capa. Tiene en el centro un bonito templete rodeado de estanques de agua y su estructura se debe al artista João de Ruão.

En la sacristía, nos rodea un ambiente manierista muy auténtico transmitido por las elegantes columnas que sustentan un techo revestido de madera, azulejos policromados, bonitas aberturas de luz y ricas arcas del s. XVII. Sobre todo, no deje de apreciar los cuadros de la Escuela portuguesa del s. XVI, en las obras de Cristóvão de Figueiredo y Gaspar Vaz, donde los temas religiosos: Ecce Homo, Calvario, la Virgen y las Santas Mujeres, Pentecostés (este de la autoría de Grão Vasco), además de otros, están representados con gran sentimiento dramático.