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A la entrada de los claustros llama la atención el espacio de perfecta proporción enriquecido por exuberante decoración en piedra.
Los cuatro rincones de los claustros cortados oblicuamente, lo que aporta gran originalidad ya que normalmente se rematan en ángulo recto, son dignos de nota.
El piso inferior, adornado con temas naturalistas y blasones manuelinos, y el superior, algo retrocedido, ponen de manifiesto la traza renacentista de su autor, João de Castilho.

Varias dependencias del Monasterio apuntan a los claustros, con especial distinción del Refectorio y la Sala del Capítulo, adornados con bellas bóvedas de nervaduras.
En la Sala del Capítulo encontramos la tumba de estilo neogótico del escritor romántico Alexandre Herculano (1810-1877).
En el piso superior del claustro, una puerta accede al coro alto donde podemos admirar la notable sillería monástica en talla y podremos fijarnos, de nuevo, en la fascinante iglesia manuelina.

En una de las galerías, un pequeño monumento simbólico custodia, en este espacio tan emblemático, al gran poeta portugués, Fernando Pessoa.