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Elle doit son nom à la source d'eaux thermales très appréciée par la Reine D. Leonor, épouse de D. Manuel I, roi du Portugal au XVè siècle, qui a eu l'occasion de prouver les propriétés thérapeutiques de ses eaux lorsque ces dernières lui guérirent une blessure, qui malgré divers traitements ne parvenait pas cicatriser.

Puisque à l'époque, ces eaux étaient déjà très recherchées par les locaux, qui s'y baignaient pour soigner leurs maladies, et afin qu'ils puissent être traité avec un minimum de confort, la Reine fit construire un Hôpital, autour duquel la ville s'est formée, et devint ainsi connue comme "Caldas da Rainha".

La ville continua à grandir, et connut son apogée à la fin du XIXè siècle et début du XXè siècle, époque il était courant de faire un séjour dans une station thermale, Caldas da Rainha étant un des lieux choisi par la noblesse et l'aristocratie.

Durant la Seconde Guerre Mondiale cette ville fut également le refuge choisi par de nombreux étrangers poursuivis par le régime nazi.

À Caldas, sont nées des personnalités importantes dans la culture portugaise, tout particulièrement le peintre José Malhoa (XIXè siècle) dont l'oeuvre peut être admirée au Musée du même nom situé au Parc Thermal, et aussi Rafael Bordalo Pinheiro, caricaturiste du XIXè siècle, qui fonda les Usines de Faïences de Caldas da Rainha où commença à être fabriquée la populaire vaisselle de Caldas, dont les pièces les plus connues sont celles qui intègrent des caractéristiques de l'humeur populaire.