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Fondée par les romains sous le nom d'Oliastrium, Azambuja fut occupée par les maures qui la baptisèrent "Azzabuja", un nom qui est à l'origine de son actuelle dénomination. Au XIIe siècle, le roi Sancho Ier avec l'aide de Chevaliers de Flandres, expulsa les arabes de cette région, et donna ces terres à un noble flamand, en récompense de son aide prêtée à la Reconquête Chrétienne.

Son for du XIIIe siècle, fut confirmé par Manuel Ier au XVIe siècle, époque à laquelle Azambuja connut un grand essor, comme l'Église Matrice et l'Église de la Miséricorde datant de la même époque. Plus tard, au XVIIIe siècle, commença la construction du Palais des 'uvres Nouvelles qui servait d'auberge et de station aux trains à vapeur en provenance de Lisbonne et en direction de Constância.

Actuellement, Azambuja est une localité en franche expansion, bénéficiant d'une excellente localisation, près de l'autoroute et de la ligne de chemin de fer du nord (qui trouve ici une station moderne).