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El nombre de la ciudad está relacionado con dos leyendas que forman parte del imaginario local: la leyenda del Rey Abidis y la leyenda de Santa Iria.

Leyenda del Rey Abidis
Se cuenta que Ulises de Ítaca, al pasar por tierras lusitanas se enamoró de Calipso, hija del rey visigodo Gorgoris. De ese encuentro nació el indeseado Abidis, que el abuelo mandó abandonar enseguida. Metido en una cesta, fue tirado al río Tajo.
Milagrosamente, la cesta subió el río contracorriente y fue recogida por una loba en la playa de Santarém, que alimentó y protegió a Abidis. Tras algunas peripecias fue finalmente reconocido por su madre Calipso, que lo nombró legítimo heredero, escogiendo el emplazamiento de Santarém como capital del reino.
Lo llamó Esca Abidis (el manjar de Abidis), que derivó en el lenguaje corriente en Scalabis. Para los romanos fue Scalabicastrum.
El origen permanece aún hoy en la designación de los habitantes, conocidos como escalabitanos.

Leyenda de Santa Iria
A finales a S. VII, la localidad recibió la designación de Sancta Irena. Adoptada más tarde por los moros como Chanteren o Chantarim, y de aquí habría derivado el nombre de Santarém.
El hecho se debe a la historia de Santa Iria. Iria era una religiosa muy devota del convento benedictino de Nabancia (Tomar). Víctima de la pasión de su guía espiritual, el monje Remígio, bebió obligada una tisana que hizo que se le inchara el vientre, hecho visto por todos como un supuesto embarazo. Pero había un joven también enamorado, el cual también se había interesado por Iria. Este, en la imposibilidad de alcanzar su amor, la mandó matar en el momento en que oraba junto al Río Nabão, un afluente del Río Tajo.
Aunque el crimen fuese descubierto y los criminales se arrepintiesen, no conseguieron encontrar el cuerpo de la mártir, arrastrado por las aguas del río.
De visita en Santarém en el año 1324, a la Reina Santa Isabel, le fue revelado en visiones el lugar exacto donde habría ido a parar el cuerpo de Santa Iria, desde el Río Nabão hasta las orillas del Río Tajo junto a la ciudad.
Cuando el rey D. Dinis, su marido, se enteró de este hecho, decidió señalar el sitio de la sepultura con un hito funerario.
En 1644, el Ayuntamiento colocó en la parte superior una escultura de piedra, en homenaje a la santa. Debido a la localización del hito, en el siglo pasado fue instalado un hidrómetro que sirve para señalar los niveles de las aguas del río.